Dari segi warna, karakteristik warna Batik Madura cenderung memilih warna berani dan tegas, seperti warna Merah, Kuning, Biruh (Hijau dalam Bahasa Indonesia) serta warna Biru sendiri. Warna warna tersebut dihasilkan dari pewarna alam (Soga Alam) seperti Mengkudu dan Tingi untuk menghasilkan warna merah, Daun Tarum untuk warna biru, Kulit mundu ditambah tawas juga diambil untuk memberikan efek warna hijau pada kain batik Madura. Efek terang dan gelapnya pada kain Batik Madura dihasilkan melalui lamanya perendaman kain sendiri, bisa satu bulan, 3 bulan, bahkan ada yg sampai 1 tahun. Perendaman ini juga akan membuat warna kain batik lebih awet dari biasanya.
Motif batik merupakan bagian kritikal dari proses pembuatan kain batik sendiri. Karena goresan canting dan gerak tangan pembatik juga melibatkan pikiran & hatinya, sehingga apa yang tergores pada kain batik menjadi motif yang akan cukup menarik minat pecinta batik. Ragam Motif Madura sangat banyak, diambil dari motif tumbuhan, binatang, serta motif kombinasi hasil kreasi pembatik sendiri. Kalo di Pamekasan sendiri motif batik seperti Sekarjagat, Keong Mas, Matahari, Daun Memba (daun mojo), Gorek Basi. Beberapa motif batik Pamekasan, yang sudah di patenkan di Depkumham, seperti Keraben sapeh, sakereh, Kempeng saladerih, padih kepa’, manik-manik.
Ciri khas lainnya yg dimiliki dari Batik Madura adalah banyaknya tarikan garis pada satu desain Batik
